le FCPE offre l’un des outils plus utilisés par des scientifiques du monde entier pour l’analyse du gène

Centro de Investigación Príncipe Felipe développe une application bioinformatique qui a déjà accumulé plus de 79 000 utilisations.

-Blast2GO permet d’analyser un grand volume de données rapides et faciles

-l’Institut Roslin d’Édimbourg a utilisé l’application dans leurs études génétiques

-accès est gratuit et ouvert à la communauté scientifique par le biais du site Web du FCPE

Valencia Octobre 2009.- scientifiques de la département de bioinformatique Research Center Prince Philip ont mis au point un ordinateur analyse de l’outil de gènes est devenu un des plus souvent cités dans sa catégorie, et donc un des plus couramment utilisés par d’autres chercheurs dans les résultats de leur artcul de scientifiques.

L’outil est nommé Blast2GO et est utilisé dans le domaine de la recherche en génomique pour prédire la fonction des gènes inconnus. Actuellement, la recherche sur le génome donne lieu à une énorme quantité de données sur des milliers de gènes extraits des expériences de séquençage ; et est le seul moyen d’opérer avec eux ordinateur méthodes peuvent déterminer la fonction de ces gènes.

Blast2GO sert à élaborer une première prédiction de la fonction des gènes et le rend facile à gérer un grand volume de données grâce à la bioinformatique.

Le directeur du Centro de Investigación Príncipe Felipe, Rubén Moreno, souligne que cet outil est un exemple de la qualité des applications avancées de bioinformatique qui FCPE met à la disposition de la communauté scientifique, s’installer comme une référence dans le domaine de la recherche en génomique ”.

L’application a été développée par deux chercheurs du laboratoire de bioinformatique de FCPE, Ana Conesa scientifiques et Stefan Götz, et son utilisation est gratuite et ouverte à toute la communauté scientifique par le biais du site Web du FCPE.

Une demande soutenue par les chiffres

Le principal indicateur de l’efficacité et l’impact de cet outil de bioinformatique FCPE sont le grand nombre de citations contenues dans des travaux scientifiques, c’est-à-dire, le nombre de fois que d’autres scientifiques de divers centres ont utilisé l’application pour l’analyse de données dans leurs recherches.

Blast2GO a déjà accumulé environ 200 citations d’articles scientifiques jusqu’à l’heure actuelle et est à la tête de l’ensemble d’outils qui développent des fonctions similaires ”, explique le chercheur Ana Conesa.

Depuis sa création en 2005, Blast2GO a accumulé plus de 79 000 utilisations, et il a été utilisé pour environ 4 800 scientifiques dans le monde entier, un nombre qui a fait cette demande dans les plus utilisées de l’ensemble d’outils qui effectuent une analyse similaire dans le domaine de la recherche en génomique. Dans les deux derniers mois seules ont compté environ 8 000 utilisations ou l’outil téléchargements,

, Blast2GO reçoit en moyenne 180 visites quotidiennes des entreprises, des universités et des centres de recherche du monde entier. Par zones géographiques, les principaux utilisateurs sont en Europe et en pays comme Israël, aux États-Unis.UU et au Canada. Sur le continent asiatique, comprennent les utilisations de la Chine et le Japon, avec les autres laboratoires situés en Inde, l’Indonésie ou la Thaïlande.

Au sein de cette projection internationale, l’utilisation de l’outil s’étend à d’autres lieux comme l’Australie, l’Argentine ou en Afrique du Sud. Si l’on regarde la carte du monde de l’utilisation de l’application, nous voyons qu’il acceptait entièrement les zones de la planète où la recherche en génomique est d’être ”, Ana Conesa, dit.

Visiteurs réguliers vers les centres de référence d’include demande que l’Institut Roslin à Édimbourg – Center, qui a créé la brebis Dolly-, qui a signé un accord avec le FCPE à utiliser l’application dans les études génétiques. En outre, l’outil est utilisé aussi par les autres centres de prestige dans le domaine de la recherche en génomique : UC Davis (Université de la Californie), ou le service de recherche agricole des États-Unis (United States Department of Agriculture, USDA).

L’application de la bioinformatique fonde son fonctionnement sur la combinaison d’un ancien système d’analyse de séquences génomiques appelé BLAST ”, avec la représentation et l’extraction des technologies de l’information informatique. Au départ, Blast2GO a été conçu comme une collaboration entre l’Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) et l’Université Polytechnique de Valence (UPV) et de son emplacement dans la CIPV a réalisé une croissance importante de son utilisation et les fonctionnalités.

l’équipe de chercheurs du laboratoire de bioinformatique du FCPE.

Les raisons du succès

En cherchant dans le public des bases de données autre séquence de gènes semblable à celles que vous souhaitez caractériser et analyser les informations sur les gènes connus, nous pouvons générer une prédiction sur le rôle de l’inconnu ”, dit Ana Conesa. Les scientifiques de la CIPV parfaite cette méthode pour que cette première prédiction se développe dans un chercheurs génomiques de façon très rapide, fiable et abordable.

Stefan Götz chercheur scientifique, explique que l’outil est très facile à utiliser pour les biologistes et en même temps, il est extrêmement puissant pour leur capacité à analyser les données de nombreux en même temps ”. Gótz dit extraits très rapidement les informations les plus pertinentes et les recherches à grande échelle et informatique appliquée à des dizaines de milliers de gènes ”.

Le système qui s’exécute Blast2GO emploie des autres éléments qui permettent de développer des analyses statistiques sur les données au-delà de la première prédiction et d’aider la manutention et le traitement des informations recueillies sur les expériences de la génomiques. Lorsqu’un chercheur est de caractériser le génome d’un organisme nouveau, trouvé dans l’application d’un match amical et outil intuitif qui offre en outre la possibilité de comparer les données de savoir quoi pour exemple est la fonction plus abondante, si c’est le même dans les organismes similaires ou si vous avez quelques fonctionnalités qui n’ont pas autres ”, souligne Ana Conesa.

L’addition, le programme offre de service à l’utilisateur à travers lequel résoudre les requêtes et les doutes. En ce sens, mise en œuvre est en contrôle continu et à l’amélioration, car comme l’a déclaré Conesa, cette rétroaction permet l’outil a été développé avec le soutien de la communauté scientifique, conformément aux demandes et suggestions des utilisateurs eux-mêmes ”.