CIPF biedt een van de meest gebruikt door wetenschappers van over de hele wereld voor de analyse van genen tools.

-Blast2GO maakt het mogelijk om een grote hoeveelheid gegevens snel en eenvoudig te analyseren

-het Roslin Instituut van Edinburgh gebruikt de toepassing in hun genetische studies

-toegang is gratis en open voor de wetenschappelijke gemeenschap via de website CIPF

ValenciaOktober 2009.- wetenschappers van het departement van bioinformatica onderzoek Center Prince Philip hebben ontwikkeld, een computer hulpprogramma analyse van genen is uitgegroeid tot een van de meest vaak aangehaald in zijn categorie, en dus een van de meest gebruikte door andere onderzoekers in de resultaten van hun kunstwetenschappers kont.

Het hulpprogramma heet Blast2GO en op het gebied van genomica-onderzoek wordt gebruikt voor het voorspellen van de functie van onbekende genen. Op dit moment geeft onderzoek naar genoom aanleiding tot een enorme hoeveelheid gegevens op duizenden genen geëxtraheerd uit sequencing experimenten; en de enige manier om te werken met hen is via computer methoden kunnen de functie van deze genen bepalen.

Blast2GO dient te ontwikkelen een eerste voorspelling van de functie van genen gevonden en maakt het gemakkelijk om een grote hoeveelheid van gegevens dankzij bio-informatica.

De directeur van het Centro de Investigación Príncipe Felipe, Rubén Moreno, wijst erop dat dit hulpmiddel is een voorbeeld van de kwaliteit van de bio-informatica geavanceerde toepassingen die CIPF ter beschikking van de wetenschappelijke gemeenschap zet, regelen als een referentie op het gebied van genomica-onderzoek ”.

De toepassing is ontwikkeld door twee onderzoekers van het laboratorium van bioinformatica van CIPF, Ana Conesa wetenschappers en Stefan Götz, en het gebruik ervan is gratis en open voor de gehele wetenschappelijke gemeenschap via de website CIPF.

Een toepassing ondersteund door cijfers

De belangrijkste indicator van de efficiëntie en het effect van deze CIPF bioinformatics tool is het hoge aantal citaten in wetenschappelijk werk, dat wil zeggen, het aantal keren dat andere wetenschappers uit verschillende centra de toepassing hebt gebruikt voor de analyse van gegevens in hun onderzoek bevatte.

Blast2GO al ongeveer 200 citaten uit wetenschappelijke artikelen tot dit moment heeft opgelopen, en is aan het hoofd van de set van tools die soortgelijke functies ontwikkelen ”, zegt de onderzoeker Ana Conesa.

Sinds haar oprichting in 2005, Blast2GO meer dan 79.000 toepassingen heeft opgelopen, en het is gebruikt voor ongeveer 4.800 wetenschappers over de hele wereld, een getal dat deze toepassing heeft gemaakt in de meest gebruikte van de set van tools die soortgelijke analyses uit te op het gebied van genoomonderzoek voeren. In de afgelopen twee maanden alleen hebben geteld ongeveer 8000 toepassingen of de tool downloads,

, Blast2GO ontvangt gemiddeld 180 dagelijkse bezoeken van bedrijven, universiteiten en onderzoekscentra over de hele wereld. Door geografische gebieden zijn de belangrijkste gebruikers in Europa, en landen als Israël, Verenigde Staten.UU en Canada. In het Aziatische continent, bevatten gebruik van China en Japan, samen met andere laboratoria gelegen in India, Indonesië of Thailand.

Binnen deze internationale projectie, het gebruik van het hulpprogramma strekt zich uit tot andere plaatsen als Australië, Argentinië, of Zuid-Afrika. Als je kijkt naar de kaart van de wereld van gebruik van de toepassing, zien we dat hij volledig ingestemd met de gebieden van de planeet waar genomics onderzoek wordt ”, zegt Ana Conesa.

Regelmatige bezoekers van de toepassing opnemen referentiecentra als het Roslin Institute in Edinburgh – Center dat het schaap Dolly-, die heeft een overeenkomst getekend met CIPF de toepassing te gebruiken in de genetische studies gemaakt. Het hulpprogramma wordt daarnaast ook gebruikt door andere centra van grote prestige in het veld van het genoomonderzoek UC Davis (Universiteit van California), of de US (Verenigde Staten ministerie van landbouw USDA) landbouwkundig onderzoeksservice.

De toepassing bioinformatics baseert haar werking op de combinatie van een vorige systeem voor analyse van genomic opeenvolgingen genaamd BLAST ”, met vertegenwoordiging en extractie van informatie computer technologieën. Aanvankelijk, was Blast2GO geconcipieerd als een samenwerking tussen het Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) en de Polytechnische Universiteit van Valencia (UPV), en vanaf de locatie in de IPPC-heeft bereikt substantiële groei in het gebruik en functionaliteit.

het team van onderzoekers van het laboratorium van bio-informatica van de CIPF.

De redenen voor het succes

Andere genen reeks vergelijkbaar zijn met die u wilt karakteriseren in feite kijken naar de openbare databases en analyseren van informatie over de bekende genen, kunnen we genereren een voorspelling over de rol van de onbekende ”, Ana Conesa zei. De IPPC-wetenschappers hebben deze methode geperfectioneerd zodat deze eerste voorspelling in een manier zeer snelle, betrouwbare en betaalbare genomic onderzoekers ontwikkelt.

Stefan Götz bioinformaticist legt uit dat het gereedschap is zeer makkelijk te gebruiken voor biologen en op hetzelfde moment is zeer krachtig voor hun capaciteit om gegevens te analyseren veel op hetzelfde moment ”. Gótz zegt zeer snel de meest relevante informatie extraheert en grootschalige zoekopdrachten en gegevens-verwerking toegepast op tientallen duizenden genen ”.

Het systeem dat wordt uitgevoerd Blast2GO werken van andere elementen die het mogelijk maken te ontwikkelen statistische analyses op de gegevens na de eerste voorspelling, helpen de behandeling en verwerking van de informatie verzameld op de genomische experimenten. Wanneer een onderzoeker is te karakteriseren van het genoom van een nieuwe organisme, gevonden in de toepassing een vriendelijke en intuïtieve tool die bovendien de mogelijkheid biedt van het vergelijken van gegevens om te weten wat voor voorbeeld de overvloedigste functie, is als het is hetzelfde in vergelijkbare agentschappen of hebt u sommige functies die geen andere ”, wijst erop Ana Conesa.

Toevoeging, het programma biedt service aan de gebruiker via die twijfels en vragen oplossen. In deze zin, uitvoering is in continue herziening en verbetering, omdat zoals verklaarde Conesa, deze feedback kan het hulpprogramma werd ontwikkeld met de steun van de wetenschappelijke gemeenschap, in overeenstemming met de verzoeken en suggesties van de gebruikers zelf ”.